Ook in Rome had men natuurlijk al lang over die professor uit Wittenberg gehoord, die zo veel kritiek had op de aflaatverkoop. En de paus, Leo X, kan dat zeker niet zo maar laten gebeuren. Daar moest een onderzoek komen. Het beste zou zijn om Luther zelf naar Rome te laten komen, dan konden ze hem daar als ketter veroordelen. En dan zou het kwaad in de kiem gesmoord zijn! Maar zo ver kwam het niet, door ingrijpen van Frederik de Wijze, de keurvorst van Sachsen, waartoe Wittenberg behoorde. Deze zag niet graag één van zijn beste professoren uit de pas opgerichte universiteit in Wittenberg verdwijnen. Hij pleitte dus voor hem en verzocht het verhoor af te nemen op de rijksdag in Augsburg, waar in 1518 een nieuwe keizer gekozen zou worden. De zeven keurvorsten hadden in die keizer-keuze een belangrijke stem. Bovendien zag de paus in Frederik de Wijze ook best een nieuwe keizer. Daarom was hij hem ter wille en werd Luther naar Augsburg ontboden.
Daar, in Augsburg, werd hij begroet door kardinaal Cajetanus, een man doorkneed in het kerkelijke recht. Deze disputeerde met Luther en probeerde hem tot andere inzichten te brengen, maar Luther verzette zich en beriep zich steeds weer op de Bijbel. Omdat zijn vrienden bang waren, dat Luther gevangen genomen zou worden, hebben zij hem in het holst van de nacht van zijn bed gelicht en ontvoerd terug naar Wittenberg. De strijd laaide weer in alle hevigheid op, toen prof. Johannes Eck 13 stellingen publiceerde, waarmee hij Luther aanviel. Er kwam zelfs een openbaar debat tussen die twee, in Leipzig (1519). Eerst ging het debat tussen Andreas Karlstadt, een medestander van Luther en Johannes Eck, een pauselijke theoloog. Zij spraken over het gezang van de paus, waarmee de aflaathandel werd verdedigd. Toen Karlstadt het tegen Eck moest afleggen, nam Luther zelf diens plaats in. Luther beriep zich nog op Johannus Hus, de beroemde reformator uit Tsjechië, waarop Eck hem tegenwierp dat Hus door het concilie van Konstanz ter dood was veroordeeld. Toen Luther daarop zei, dat ook concilies zich kunnen vergissen, net als de paus, kon hij geen goed meer doen. Hij werd voor ketter uitgemaakt. Maar Luther was onwankelbaar, hij beriep zich steeds weer opnieuw op de Heilige Schrift, wat Hus een eeuw geleden ook al gedaan had. Toen de paus er van hoorde, vaardigde hij in 1520 een bul uit, waarin 41 stellingen van Luther werden veroordeeld als ketterij. En iedereen, die deze leer zou aanhangen, zou met de banvloek getroffen worden. Luther reageerde hierop door die bul in het openbaar te verbranden.
Daarna werd Luther nog ontboden door Karel V op de eerste rijksdag te Worms (in 1521). Toen hij weer niet zijn leer herriep, werd hij ook nog getroffen door de rijksban. Hij werd daarmee vogelvrij verklaard. Zijn vrienden ontvoerden hem toen opnieuw en brachten hem naar de Wartburg, waar hij twee jaren verbleef en de (Latijnse) Bijbel vertaalde in het Duits.
Al in Erfurt (1501-1505) was hij begonnen met Bijbelstudie. Hij vond daar in de bibliotheek een complete Bijbel. Dat was voor die tijd best iets bijzonders, want men was gewend aan bepaalde uitgezocht tekstlezingen in de liturgie. Maar nu zag Luther, dat er zo veel meer stond in de Bijbel. Het gewone volk bezat toen nog helemaal niet een volledige Bijbel. De Bijbel in de universiteitsbieb lag dan ook aan een ketting, om hem voor diefstal te vrijwaren! Later, in het klooster te Wittenberg, probeerde hij ook zo veel mogelijk de Bijbel te lezen. Doordat de Psalmen gebruikt werden in de dagelijkse gebeden, kende hij deze al spoedig uit het hoofd. De aanmoediging van de prior, Johannes von Staupitz, bracht hem er toe serieus te gaan studeren. Daardoor kon hij in 1512 promoveren tot doctor in de theologie en het professoraat van Bijbelwetenschap van Staupitz overnemen.
Vanuit zijn Bijbelkennis heeft hij in de moeilijke jaren na 1517 verschillende traktaten geschreven om de mensen te bemoedigen en de ogen te openen. Tenslotte kon hij het gewone volk ook in hun eigen taal de Bijbel te lezen geven. Bekend is, dat hij hiermee zeker ook een belangrijke bijdrage geleverd heeft aan de vorming van de Duitse taal.