Voor Luther betekent de Doop het oude leven vaarwel zeggen en opstaan tot een nieuw leven. Hij gaat daarvoor uit van het Griekse woord "baptismos", dat onderdompeling betekent. Het gaat terug tot de doop van Johannes de Doper, die de mensen (ook Jezus!) doopte in de Jordaan door ze volledig onder te dompelen en daarna uit het water op te trekken. Zo gaat het ook nog bij de Baptisten en in Pinksterkerken, waar ze in het kerkgebouw een bad hebben voor de doop. Zó ziet Paulus het ook in Romeinen 6: "Wij zijn dan met Hem begraven door de doop in de dood, opdat, gelijk Christus uit de doden opgewekt is door de majesteit des Vaders, zo ook wij in nieuwheid des levens zouden wandelen" (vs.4). Voor Luther betekent de doop dan ook een dagelijks sterven aan de zonde en opstaan in de genade van God. "Die Sünde wird in der Taufe ganz vergeben, nicht so, dass sie nicht mehr da sei, sondern dass sie nicht zugerechnet wird.". Ook als je de doop hebt ontvangen blijft een mens nog zondigen, maar het wordt hem door de genade van God niet meer toegerekend. Het verplicht ons wel om tegen de zonde te vechten! Want we zouden de doop eens kunnen verliezen! Het is een genade van God, maar een mens kan die genade wel verwerpen! Daarom zijn de zogenaamde Wederdopers, met wie Luther een hevige strijd gevoerd heeft, voorstander van de volwassenendoop. Volwassenen weten wat ze doen, juist als ze zich laten dopen! Zij weten, dat voor de Doop geloof nodig is. Had Jezus niet gezegd: wie gelooft en zich laat dopen, die zal behouden worden! Kinderen kunnen nog niet geloven. Daarom kunnen ze zich ook niet verantwoordelijk voelen voor hun doop. Is het dan een wonder, dat ze later die doop verwerpen? Maar zó mag het toch niet zijn, zegt Luther. Doop en geloof horen wel bij elkaar, natuurlijk, maar toch niet zó, dat het geloof van de mens de doop pas echt en waar maakt. Dan zou de doop afhankelijk worden van de mens. Dat riekt naar werkheiligheid! De doop wordt dan een prestatie van de mens! Nee, zegt Luther, de doop draagt wel het geloof van de mens, maar niet andersom, dat het geloof van de mens de doop pas waar maakt. Ook niet zoals in R.K.kerk, waar de erfzonde bij de doop zó wordt vergeven, dat de gedoopte niet meer een echte zondaar kan zijn. Wanneer hij zwaar zondigt, helpt de doop alleen niet meer, dan is daarbij ook het sacrament van de boete nodig,. als een soort plaatsvervanging en vernieuwing van de doop. Luther vindt, dat de doop op zo'n manier iets magisch krijgt. Nee, het is en blijft altijd een daad van God aan de mensen om hen te vernieuwen en in staat te stellen tegen de zonde te vechten. We mogen uitgaan van de goddelijke belofte: "Wie gelooft en zich laat dopen, die zal zalig worden, maar wie niet geloofd, zal veroordeeld worden" (Markus 16, 16). Doop en geloof horen dus bij elkaar, evenals ongeloof en veroordeling. Wanneer je na de doop in ongeloof vervalt, moet een mens boete doen. De boete is dan eigenlijk een vernieuwing van de doopgelofte.

In de "Kleine Katechismus" (1529) legt Luther het zó uit: op de vraag "Wat betekent dan zulk een waterdopen?" antwoordt hij: "Es bedeutet, das der alte Adam in uns durch tägliche Reue und Busse soll ersäuft weden und sterben mit allen Sünden und bösen Lüsten; und wiederum täglich herauskommen und auferstehen ein neuer Mensvh, der in Gerechtigkeit und Reinheit vor Gott ewiglich lebe." Daarna volgt de genoemde tekst uit de Romeinenbrief (6, 4).

De bediening van de Doop heeft Luther dus niet veranderd. Die is hetzelfde gebleven als hij eeuwen lang geweest is. Dit is nóg geen geschilpunt tussen de kerken. Daarom was er indertijd ook zo veel commotie, toen prinses Irene bij de overgang naar de R.K. Kerk zich in Rome liet "overdopen". De Doop, die zij in de Hervormde Kerk had ontvangen was ook in de R.K. Kerk geldig. Dit wordt tegenwoordig van beide kanten volmondig erkend. Toch komt het nog wel voor, dat iemand, die in de Hervormde Kerk gedoopt werd, bij overgang naar een Pinkstergemeente opnieuw gedoopt wordt. Dit heeft ook te maken met een verschil in zienswijze op de Doop: kinderdoop of volwassendoop.

Van de zeven sacramenten in de R.K. Kerk nam Luther er twee over, de belangrijkste: Doop en Avondmaal. Die worden in de R.K. Kerk ook als belangrijkste gezien (de zgn. sacramenta majora), terwijl de overige vijf op deze 2 sacramenten betrokken zijn ( de zgn. sacramenta minora).